I am having troubles when changing the color of inline citations in a pdf output from RMarkdown. Let's start with the YAML:

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title: MY TITLE

author: "Mario Modesto-Mata"

date: "20 September 2018"

output:

  pdf_document:

    highlight: espresso

    number_sections: yes

    toc: yes

    toc_depth: 4

bibliography: references.bib

csl: ajpa.csl

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As you can see, I have my bibliography specified (references.bib) and the citation style (ajpa.csl). I must say it works pretty nice.

However, I am writing a long manuscript and I would like inline citations to be colored to allow readers distinguish what is text and what are citations.

Before changing color

This is my example where you can see the inline citations.

Cada diente se forma en un momento concreto bajo una fuerte regulación
genética. Por lo tanto, presentan cada uno su propia trayectoria de
crecimiento, desarrollo, tasa de formación y momento de erupción, que
son relativamente independientes del resto de piezas dentales. Por
este motivo, cada especie posee un patrón de desarrollo dental
particular y bien definido en función de las trayectorias de
crecimiento concretas de cada diente o clase de dientes
[@BermudezdeCastrochicoGranDolina2002;
@SmithDentaldevelopmentevolution1991;
@SmithDentaldevelopmentmeasure1989;
@SmithPatternsdentaldevelopment1994]. El desarrollo dental es
altamente heredable y relativamente resistente a los procesos de
malnutrición y enfermedad, existiendo menos variación en su patrón de
desarrollo respecto a los parámetros de maduración esqueléticos
[@Lewisrelationshiptoothformation1960].

When I convert it into a PDF using RMarkdown, I get correct inline citations:

After changing color

I searched on this forum and found a potential solution, as you can read in the original question.

However, when I implement those tips, as seen in this code:

Cada diente se forma en un momento concreto bajo una fuerte regulación
genética. Por lo tanto, presentan cada uno su propia trayectoria de
crecimiento, desarrollo, tasa de formación y momento de erupción, que
son relativamente independientes del resto de piezas dentales. Por
este motivo, cada especie posee un patrón de desarrollo dental
particular y bien definido en función de las trayectorias de
crecimiento concretas de cada diente o clase de dientes
textcolor{blue}{[@BermudezdeCastrochicoGranDolina2002;
@SmithDentaldevelopmentevolution1991;
@SmithDentaldevelopmentmeasure1989;
@SmithPatternsdentaldevelopment1994]}. El desarrollo dental es
altamente heredable y relativamente resistente a los procesos de
malnutrición y enfermedad, existiendo menos variación en su patrón de
desarrollo respecto a los parámetros de maduración esqueléticos
textcolor{blue}{[@Lewisrelationshiptoothformation1960]}.

I get this output:

As you can see, the bracked text has turned blue, but I lost the correct inline citations.

Question

1. How can I change the color of the inline citations without losing the citations themselves? Maybe there is an option to add in the YAML (which would be fantastic) instead of customizing every single citation along the whole manuscript?

UPDATE

You can download a ZIP file with part of my Rmd file, ajpa.csl and references.bib.

We can set YAML options link-citations: yes and linkcolor: blue.

---

title: MY TITLE

author: "Mario Modesto-Mata"

date: "20 September 2018"

output:

  pdf_document:

    highlight: espresso

    number_sections: yes

    toc: yes

    toc_depth: 4

# bibliography: references.bib

# csl: ajpa.csl

references:

- id: hawking_thermodynamics_1983

  author:

  - family: Hawking

    given: S. W.

  - family: Page

    given: Don. N.

  publisher: Communications in Mathematical Physics

  title: Thermodynamics of Black Holes in Anti-de Sitter Space.

  volume: 87

  type: article-journal

  issued:

    year: 1983

link-citations: yes

linkcolor: blue

---



```{r setup, include=FALSE}

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

```



## Header



Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod 

tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua 

[@hawking_thermodynamics_1983].



# Bibliography

Yielding

Note: This also works with bibliography: ... instead of references: ....

Is this what you want?